Na estrutura organizacional do IBCCRIM, os Departamentos dizem respeito a específicas áreas de atuação do Instituto, cada um sob a coordenação de alguns associados (Coordenadores/as-Chefes e Coordenações Adjuntas).

A especialização das ações por determinados setores de atividades facilita o planejamento e a execução das tarefas realizadas em âmbito nacional e internacional.

Atualmente, o IBCCRIM conta com os seguintes Departamentos: